民国六十五年六月二十一日，开山宗长星云大师创设佛光诊所于高雄寿山寺，其创办目的是希望社会一般低收入、贫困患者，有机会接受完善医疗照顾。创设之初即有小儿科、内科、妇科、耳鼻喉科、眼科等项目，聘请十余位名医，轮流为患者作义务施诊服务。
　　 民国六十七年，诊所迁回本山，当时因人力、财力有限，距市区较远，交通不便，仅设一般内科，经十余年努力，予以扩充后，现设有中医、西医、一般内科、牙科、眼科、物理治疗、推拿、拔罐、针灸等科，以服务本山僧信二众、大慈育幼院院童、普门中学师生、佛光精舍老人、大树乡邻近居民以及来山礼佛游客，每年就诊人数约五万余人次。