云居楼位于本山「东山」及玉佛楼东侧向阳台地上，临高屏溪，与大武山遥遥相对峙，于民国八十三年七月动工，同年十月六日奠基、十月十三日举行洒净仪式。此楼建地千坪，高四十米，共八层。
　　 云居楼是一栋具有古代佛教丛林风格的建筑，他蕴含教化的意义与功能，是一栋开放式的大楼，如斋堂、大寮、佛堂、客房；并具有现代管控设施，如电梯、音响、电脑网络、电话、消防、运输等一一具备。为发挥宏教功能，订立二大目标：1.以功能为导，实用为主；2.强调拙素厚重风格，辅以精工营造，呈现庄严巍峨朴重的佛门精神。
　　 建筑主体共有八层：地下一、二楼可供六十部中小型车辆之停车场，一楼大厅可同时供四千人食用的大斋堂及大寮（厨房）。其特点在于宽广的大厅中，全无半根梁柱，用斋时，令人心旷神怡，非常方便；二楼是容纳四千人礼拜的大佛堂；三至六楼是可媲美五星级饭店的客堂及客房。此外，云居楼外沿更设有回廊楼梯，可由二楼可直通如来殿。
　　 云居楼整栋都是钢骨结构的建筑，充分展现寺院建筑的生命力。地上一、二层楼挑高为五、六米，无半根支柱，建筑精实，景观优美。采中国丛林宫殿式建筑，古朴自然、和谐庄严，使回山之信众，从听经用餐、挂单安憩、礼佛拜忏到研习会议，皆可在这一栋大楼内完成，免于往返奔波劳顿之苦。
　　 云居楼右侧的大门牌楼，有开山大师星云上人题字「选佛场」。意思是进入此门，依循佛法精进修持，即可到达成佛之途。